学校依法设立学术委员会，并制定《学术委员会章程》。学术委员会作为校内最高学术机构，依照有关法律、规章统筹行使学术事务的决策、审议、评定和咨询等职权，维护学术自由、学术平等，鼓励学术创新，促进学术发展和人才培养，提高学术质量，保障教师在教学、科研和学术事务治理中发挥主体作用。
学术委员会由学校不同学科、专业的教授及具有正高级专业技术职务的人员组成，并应当有一定比例的青年教师。
学术委员会委员候选人经自下而上的民主推荐、公开公正的遴选方式产生，由民主选举程序确定。
学术委员会委员由校长聘任。学术委员会委员实行任期制，任期为四年，可连选连任，但连任最长不超过两届。
学术委员会设主任委员一名、副主任委员若干名，由校长办公会议提名，全体委员选举产生。
学术委员会的主要职责是：
（一）对学校宏观办学政策包括学校中长期发展规划、学科建设计划、重大国际合作办学项目等提供咨询意见。
（二）审议学校的宏观学术政策、教师职务聘任等各类学术标准、学术奖励制度等。
（三）指导专门委员会和二级学术委员会的工作，包括明确专门委员会的职责和工作范围，审定专门委员会组织规程和二级学术委员会章程等。
（四）审定学校学术道德规范、科学伦理规范，调查学术不端行为，提出处理意见，裁决学术纠纷。
（五）审议和通过《上海海事大学学位评定委员会章程》。
（六）审定学校学位评定委员会提交的学术事项。
（七）办理其他需要学术委员会处理的事项。
学术委员会设教学指导、专业技术职务评定、学术道德等专门委员会。各专门委员会根据法律规定、学术委员会的授权及各自章程开展工作，向学术委员会报告工作，接受学术委员会的指导和监督。经学术委员会同意，学校可根据需要增设或调整专门委员会。各专门委员会职责为：
（一）教学指导委员会负责学科与专业建设、课程与教材建设、教学质量保障和实验教学等方面的研究与咨询、指导与服务、评估与审议。教学指导委员会委员由学校教学单位和有关职能部门具有较深学术造诣和丰富教学经验的教师代表组成。
（二）专业技术职务评定委员会负责教师和专业技术人员职务等有关学术事项的评审。专业技术职务评审委员会委员由学校相关校领导、相关职能部门负责人以及相关学科教授代表组成。
（三）学术道德委员会负责审议学校在学术道德方面的规定，督促和指导学术单位的学术道德建设和学风维护，受理学术违纪问题的举报、投诉，组织调查并提出处理意见等事项。学术道德委员会委员由校内德高望重、致力于弘扬良好学术道德的专家学者组成。
学校实行校、院两级学术管理制度，在学院等教学、学术研究部门设置二级学术委员会作为基层学术组织，承担相应职责。
