依据我校建设教学研究型大学要求和学科建设的定位，通过对学科梳理和资源整合，学校确定重点建设交通运输工程（水路运输工程）、物流工程与管理、海洋材料与工程、航运经济与管理、航运政策与法律等优势学科群。
1、“交通运输工程（水路运输工程）”学科群（强势）
建设以载运工具运用工程（航海科学与技术）、交通运输规划与管理、轮机工程为重点的特色优势学科，在航运仿真、通航安全、船舶导航、船舶电气、船舶新能量、航运信息、航运管理等领域形成核心竞争力，使“交通运输工程”主干学科达到国内一流学术地位，国际上有重要的学术影响。
2、“物流工程与管理”学科群（强势）
“物流工程与管理”主干学科在港口物流工程、物流信息工程和供应链与物流管理等特色优势学科，以及集装箱供应链技术教育部工程研究中心的支撑下，夯实相关的基础学科，强化创新性的学术研究。在港口物流与装备、口岸物流、集装箱供应链、物流信息等领域形成核心竞争力，取得一批重大科技成果，使“物流工程与管理”主干学科达到国内一流学术地位，国际上有重要的学术影响。
3、“海洋材料与工程”学科群（需要）
“海洋材料与工程”学科群在海洋材料工程、海洋环境工程、港口海岸及近海工程等学科的支撑下，以海洋防腐材料为主线，夯实海洋环境科学、海洋化学等基础学科，开展创新性研究，结合港航环境和港口工程等工程应用对象，产出一批科技成果，形成核心竞争力，使“海洋材料与工程”学科群达到国内先进的学术地位，国际上有一定的学术影响。
4、“航运经济与管理”学科群（特色）
“航运经济与管理”学科群在产业经济学、管理科学与工程、国际贸易学等学科支撑下，面向上海国际航运中心建设的主战场，重点开展航运经济、航运金融和产业管理等方面的研究，成为国际航运中心的思想库、航运经济的重点研究基地和高级经济人才培养基地，使“航运经济与管理”学科群达到国内一流学术地位，国际上有一定的学术影响。
5、“航运政策与法律”学科群（特色）
“航运政策与法律（国际法学）”学科群在民商法学、经济法学、诉讼法学、海洋环境法学和海事法律英语等学科的支撑下，围绕上海国际航运中心建设中的重大航运政策与法律问题，结合“海商法研究中心”上海市高校人文社科重点研究基地的建设，开展海商法、海上保险法、海事国际私法、航运法和物流法等领域的研究，使“航运政策与法律”主干学科群达到国内一流学术地位，国际上有一定的学术影响。
