中长期发展目标：
到本世纪中叶，学校全面建成具有全球影响力的高水平海事大学。
“十四五”发展目标：
——以产教融合协同育人为重要途径的创新人才培养体系基本形成。构建和完善以促进学生德智体美劳全面发展为根本目的的育人机制，人才培养结构不断优化，优质教学资源不断丰富，人才培养质量保障体系建设不断加强，培养一批具有引领未来发展能力、满足国家战略和行业发展需求的高层次、创新型、国际化人才，持续保持学校在航运、物流等领域的人才影响力。
——航运、物流、海洋等领域的学科特色优势凸显。学科建设实现突破性进展，继续保持航运、物流等特色优势学科在国内的领先地位，海洋学科领域进一步聚焦。形成若干个国内一流、国际领先的学科方向及学科发展战略增长点，为长远发展奠定基础。营造有利于学科发展的制度环境，构建工学、管理学、经济学、法学、文学和理学等多学科、多层次协调发展的学科体系。
——与高水平海事大学建设相匹配的师资队伍初步建成。引进和培养一批具有发展潜力的青年学者，坚持专兼结合，明显优化师资队伍结构，以重大科研和社会服务等功能平台汇聚人才，形成高水平创新团队。建立完善的分类评价体系，制定有效的激励机制，构建有利于汇聚国内外优势智力资源、激发教师创新创造活力的制度环境。
——支撑国家及区域经济社会发展的能力显著增强。以交通强国战略、上海国际航运中心建设、自贸区临港新片区建设等国家重大需求为导向，着力提升解决行业重大问题和服务社会应用研究的能力，推动航运、物流、海洋等领域重大科学创新、关键技术突破，建成若干个国内一流的协同创新平台和新型高校智库，社会服务总体贡献度进一步提升。
——治理现代化、办学国际化、教育智慧化水平全面提升。依法治校深入推进，具有中国特色、符合学校发展实际的现代大学制度体系建设不断深化，治理结构不断优化。完善国际交流与对外合作战略布局，开放合作办学能力显著提高。以新基建全面支撑智慧校园和教育信息化建设，校园信息化水平能够有力支撑应用研究型大学的发展。
