《上海海事大学教育事业发展 “十三五”规划》上报上海市教委备案后，学校及时发布通知，要求有关职能部门和各学院依据学校规划，修订完善专项规划和学院规划，形成学校规划体系。
学校专项规划包括：《上海海事大学本科教育与专业建设“十三五”规划》《上海海事大学学位与研究生教育“十三五”规划》《上海海事大学学科建设和科研发展“十三五”规划》《上海海事大学师资队伍建设“十三五”规划》《上海海事大学国际化建设“十三五”规划》《上海海事大学基本建设“十三五”规划》《上海海事大学信息化建设“十三五”规划》《上海海事大学实验室建设“十三五”规划》《上海海事大学文化建设“十三五”规划》《上海海事大学节能减排“十三五”规划》。学校的各专项规划在学校“十三五”规划的基础上，结合专项规划实际，分别从发展机遇与面临挑战、发展现状与存在问题、指导思想与发展原则、发展目标与建设重点、主要改革发展举措和保障措施等方面进行了编制和修订完善，并对“十三五”期间主要发展指标做了细化明确。
各个学院按照要求，通过对学院面临的发展机遇与面临挑战、发展现状与存在问题等进行了系统的回顾和梳理，在指导思想与发展原则基础上，制定了发展目标与建设重点。在建设重点内容上，依据学院实际形势和发展方向，明确了学院的发展定位，完善了学院的组织体系架构：从教师规模、博士学位、海外经历教师发展、师资培养、师资引进、人才称号等方面对师资队伍进行建设规划。从立德树人、优质生源的获取与宣传、专业布局与定位、课程体系的构建（培养方案）、教学模式与教学方法改革、质量控制、就业等方面确定人才培养目标。结合“双一流”建设、高峰高原学科建设、进一步凝练学科方向、体现特色、完善学科布局定位、科学研究水平等对学科建设规划布局。从国际化布局、路径的设计、师生国际视野的提升、与国外大学科研机构联合开展课题研究等方面开展国际化工作。同时，各学院依据自身实际，还从学生工作、文化建设等多方面做了发展规划，并围绕发展目标和建设重点，明确了学院对应的发展改革举措，并附以主要发展指标来细化明确规划任务。
